Une université d’excellence
Université de recherche intensive, leader mondial en écologie, l’Université de Montpellier est un établissement public expérimental qui figure dans le top 200 du classement de Shanghai. Elle couvre plusieurs champs disciplinaires sciences et techniques, droit, économie, environnement, administration, gestion, médecine, pharmacie, activités physiques et sportives, biologie, informatique, sciences de l’éducation, science politique. Elle a obtenu en 2022 la labellisation I-SITE (Initiative Science Innovation Territoires Economie) qui associe 15 partenaires de recherche et d’innovation du territoire. Ce Programme d'Excellence (PEI) porté par l’Université de Montpellier s’articule autour des enjeux "Nourrir, Soigner, Protéger" et s’appuie sur tous les domaines scientifiques de l'Université et de ses partenaires. Elle coordonne le Pôle Universitaire d’Innovation (PUI).
Une université engagée
Vigilante envers toutes formes de discriminations, l’Université de Montpellier est engagée pour la promotion de la diversité, l’égalité entre femmes et hommes et pour l’inclusion des personnes en situation de handicap. Elle est attachée aux fondements du service public, à la laïcité, à l’égalité des chances et à l’accès de tous aux savoirs. Elle promeut les valeurs académiques telles que l’éthique, l’intégrité scientifique et la liberté universitaire. L’UM place enfin le développement durable au cœur de sa politique et de son savoir-vivre. Une démarche saluée par le palmarès du Times Higher Education qui la place en tête des universités françaises les plus performantes en terme de développement durable.
Dans le cadre de ses engagements, l’université promeut le CV sans photographie.
Structure de rattachement : Institute for Regenerative Medicine & Biotherapy (IRMB)
Intitulé du projet : Analyse efficace et évolutive du cancer par exploration transcriptomique avancée à grande échelle
Acronyme du projet : ESCALATE
Durée globale du projet : 48 mois
Description sommaire du projet : L'objectif d'ESCALATE est de traiter et d'analyser efficacement des centaines de milliers d'ensembles de données RNA-seq sur le cancer humain.
L'innovation centrale du projet est le développement de méthodes sans référence pour l'indexation et l'interrogation d'ensembles de données de séquences, s'écartant des méthodes traditionnelles qui ne prennent généralement en compte que les gènes ou les transcrits annotés. Cela n'est possible que grâce à l'implication du partenaire de l'Université de Lille, qui développe ces structures de données hautement optimisées. Notre implication dans le projet repose sur une solide expérience dans l'exploitation des données RNA-seq pour la recherche sur le cancer.
Mission principale : Nous souhaitons recruter un.e Ingénieur.e en bioinformatique pour le projet ESCALATE pour lui confier une mission principale qui sera de tester et valider une nouvelle structure d’indexation : Reindeer 2, en lien avec les objectifs du projet et le partenaire de l'Université de Lille. Mots clefs du projet : Bioinformatique, indexation de données, Analyses à grande échelle, Analyses multiOMiques, Analyses différentielles.
Définition des tâches à accomplir :
Benchmarking des nouvelles structures d'indexation (quantification, recherche d'événements rares).
Réaliser la mise en place de méthodes automatisées pour le design de sondes de kmers (sets de séquences spécifiques d’événements biologiques/de biomarqueurs) en collaboration avec nos partenaires de Paris Saclay.
Prise en main des analyses différentielles en utilisant les approches par k-mers, tester les procédures sur des données OMICS (RNAseq) afin d'extraire de nouveaux biomarqueurs de cancers, de vieillissement ou pathologies liées au vieillissement.
Participer aux déploiements des structures d'indexation pour des données multiOmiques
Interagir avec l'ensemble des équipes, chercheurs, ingénieurs doctorants du projet et mettre en partage les outils et pipelines développés sur GitHub. Définir les procédures d'échange, de partage et de sécurité.
Participer aux réunions, rédiger les rapports et procédures,
Participer à la rédaction de publications et participer à des conférences pour communiquer les résultats.
Description précise de l'évènement ou du résultat objectif déterminant la fin de la relation contractuelle ainsi que les modalités d'évaluation et de contrôle de ce résultat : Finaliser le benchmarking de Reindeer 2, réaliser les analyses différentielles et identifier les biomarqueurs d’intérêt à partir des données de leucémies aiguës myéloïdes traitées dans le cadre du projet. La fin du projet sera matérialisée par la finalisation de ces analyses et la production des résultats associés, destinés à être valorisés dans une publication scientifique. L’atteinte de cet objectif sera évaluée au regard des analyses réalisées, des résultats obtenus et de leur intégration dans les travaux de valorisation scientifique du projet.
Bon esprit d’équipe requis, personnalité bien adaptée au travail en équipe.
Expertise et maturité professionnelle.
Esprit d‘initiative et d'autonomie.
Organisation du travail et adaptabilité à de nouvelles procédures.
Ce poste nécessite une personne expérimentée ayant la rigueur, l'expertise et la connaissance des méthodologies nécessaires au projet (programmation, indexation de données à grande échelle, connaissances des pipelines bioinformatiques pour les analyses NGS à grande échelle)
Nous souhaitons confier ces missions en lien avec les objectifs du projet ITMO MIC (ESCALATE) à unu.e ingénieur.e ayant déjà une première expérience dans le domaine d’expertise présenté. Nous avons besoin d'une personne spécialisée dans la connaissance des données « Omics », des outils bioinformatiques, des structures d'indexation.
Recruter dans ce projets de recherche une personne ayant des compétences acquises est un atout important pour son bon déroulement car il concerne beaucoup de validation d’outils à mettre en place dans une structure déjà existante..
Rejoindre l'université de Montpellier, c'est bénéficier de nombreux avantages dans une région qui offre un cadre de vie qualitatif.
Nos avantages :
> Dispositifs de développement des compétences : accès à une grande offre de formation, préparation aux concours internes
> Jusqu’à 46 jours de congés / an (pour un temps plein à 38h30)
> Temps de travail aménageable
> Jusqu'à 2 jours de télétravail / semaine (selon les modalités de la charte de TT applicable à l'UM)
> Restauration collective
> Aide et prestations sociales
> Prise en charge partielle des abonnements au transport de la ville
> Accès aux activités sportives, culturelles et de loisirs de l'université
> Soutien à la parentalité : club de loisirs pour enfant, partenariat de crèches, jours enfant-malade
Avantages dépendant de la nature et la durée du contrat, des nécessités de services et des conditions d'éligibilité
Informations complémentaires :
Rémunération : de 2160 € à 2760 € bruts mensuels, dont 200 € d'indemnité mensuelle des agents contractuels (prime)
Prise de poste : décembre 2026
Type de contrat : CDD de catégorie A
Durée du contrat : 16 mois
Clôture des candidatures : 28/11/2026